Основной формой научно-исследовательской деятельности Военного университета является выполнение научных исследований, а также научное сопровождение научно-исследовательских и опытно-конструкторских работ. В 2017 г. ученые Военного университета выполняли 9 комплексных научно-исследовательских работ, предусмотренных Планом научной работы Вооруженных Сил Российской Федерации и 33 инициативных работы по Плану научной работы Военного университета.
Одним из важнейших направлений работы университета является редакционно-издательская деятельность. В 2017 году учеными и преподавателями университета издано: 14 монографий, 21 учебник, 127 учебных и учебно-методических пособий. В июне 2017 г. научное издание университета «Военный академический журнал» включено в перечень изданий, рецензируемых ВАК, а в январе 2018 г. в это перечень включен журнал «Вестник военного права».
По публикационной активности научно-педагогического состава Военный университет входит в тройку лучших вузов Минобороны России наряду с Военно-медицинской академией имени С.М. Кирова и Военно-космической академией имени А.Ф. Можайского.
В 2017 г. в университете было проведено 4 международных и 10 межвузовских научных конференций.
В рамках военно-научной деятельности в университете организована работа военно-научных обществ факультетов, в которых работает 60 военно-научных секций.
Слушатели и курсанты принимают активное участие в конкурсах на лучшие научные работы. В 2017 г. на конкурс научных работ слушателей и курсантов представлено 84 работы. По результатам конкурса, два автора награждены премией Министра обороны Российской Федерации (Алексеев А.И., Васильева К.В.), один автор — грамотой Министра обороны Российской Федерации (Шокин М.С.)
Решением конкурсной комиссии Министерства обороны Российской Федерации по рассмотрению лучших научных работ, выполненных профессорско-преподавательским составом, авторский коллектив учебника «Денежное довольствие и социальные гарантии военнослужащих» под руководством Анатнюка О.А. награжден первой премией Министра обороны Российской Федерации «За лучшую научную работу» I степени, а Черенга А.И. награжден премией Министра обороны Российской Федерации «За лучшую научную работу» III степени.
Подготовка научных и научно-педагогических кадров в Военном университете осуществляется по 14-ти научным специальностям в системе адъюнктуры и докторантуры. В 2017 г. из адъюнктуры проведен первый выпуск офицеров, обучавшихся по новым федеральным образовательным стандартам. Все выпускники успешно прошли государственную итоговую аттестацию и получили диплом о высшем образовании с квалификацией «Исследователь. Преподаватель-исследователь».
Значительный вклад в решение задачи подготовки научно-педагогических и научных кадров вносят диссертационные советы. За 2017 г. в них защищено 4 докторских и 35 кандидатских диссертаций. При этом сотрудниками, докторантами и адъюнктами Военного университета в 2017 г. защищено 1 докторская и 21 кандидатская диссертация.
В 2017 году сотрудниками университета в Федеральной службе Российской Федерации по интеллектуальной собственности получены три свидетельства о государственной регистрации, подразделениями университета было подано и зарегистрировано 103 заявления на рационализаторские предложения. Все предложения внедрены в учебный процесс в виде технических решений и электронных обучающих продуктов. Это способствовало развитию учебно-материальной базы университета, повышению качества обучения, экономии материальных и финансовых ресурсов.
Результатом активного технического творчества стало 2-е место экспозиции Военного университета на Международном военно-техническом форуме «АРМИЯ - 2017».